粘膜に留まるがんに対しては、内視鏡的粘膜切除術（EMR）にて3cm、3/4周以内の病変が切除の適応となっています。近年、切除装置の進歩により粘膜下層剥離術が開発され、より大きな病変の一括切除も可能となっています。
食道がん治療ガイドラインでは、深達度の、m1・m2までを絶対適応、m3・sm1を相対適応としています（図：食道壁構造）。切除の後には、病理組織診断をおこない、追加治療が必要かどうか検討します。