病変の一部から採取された生検材料や手術によって摘出された臓器・組織材料に対して、標本を作製し病理診断を行います。例えば、内視鏡検査の際に生検された胃粘膜の一部から組織診断で「がん」が証明された場合、続いて手術が行われます。摘出された胃はさらに詳細に検索され、がんの進行具合や顔つき、追加治療の必要性、術前治療が行われていた場合には治療の効果判定などについて報告書を作成し、臨床医のもとに提出します。
組織標本は専任病理医のもとに検査技師が作成します。通常はパラフィンに埋め込まれた組織切片をヘマトキシリン・エオジン染色した標本を顕微鏡観察することにより診断されますが、より正確な診断を行うために特殊染色が適宜加えられます。私達の施設では約40種類の特殊染色に対応しています。

術前に生検が困難であった場合や摘出すべき組織の範囲を決定するために、手術中に組織標本を作製して病理診断がなされます。通常、診断は10分前後で行われますが、術中迅速診断の結果によって手術の方法が変更される場合に限って行います。

免疫組織化学的検査とPCR、FISH、DISH法などが行われています。
免疫組織化学的検査は、細胞が産生する特殊な蛋白やホルモン、ある種の癌細胞などに特異的に発現する蛋白や膜抗原などを抗原抗体反応により証明する補助的病理診断法です。約120種類の抗体を保有し検査を行っています。
乳がんに対してエストロゲン受容体やプロゲステロン受容体発現、HER-2蛋白異常発現評価、肺癌に対してEGFR遺伝子変異検査、ALK融合遺伝子検査、PD-L1発現、ROS-1融合遺伝子検査などを行い、患者さんがホルモン治療、分子標的治療などの個別化治療をうける際に病理検査が役立っています。

電子顕微鏡室で行われている組織や細胞の超微細形態を観察する検査法です。腎生検診断では全例電子顕微鏡による検査が行われています。また、光学顕微鏡による検索のみでは診断困難な疾患に対して電子顕微鏡による補助診断が加えられます。