肛門の周囲に貯まった膿は、自然に破れたり、痛みを訴えて医療機関を受診し外科的に切開を受けたりして排膿されます。
（風船の中の水が破れて外に出るようなもの）

排膿後に炎症は徐々に消退していきますが、完全に消失することは少なく、1次口（細菌の侵入口）から瘻管を経て2次口（細菌の出口）という柵状の痔瘻が形成されます。

痔瘻に対する治療の基本は手術です。大きく分けると瘻管を切除して開放する切開開放術式と痔瘻をくり抜く術式があります。
切開開放術式の根治性は高いですが、括約筋のダメージが大きくなる可能性があります。一方、くり抜き術は括約筋のダメージは少ない半面、再発率がやや高い傾向にあります。どちらの術式が適しているかは、痔瘻の程度（部位や深さなど）によって異なります。
一般に入院期間7-10日で、治癒まで約1～2ヶ月が目安です。