食道の内部を、直接確認します。レントゲンでは判らない粘膜の色の変化や、さらに色素（ヨード）を散布して異常の範囲をより詳しく判定できます。また、組織を一部採取して、顕微鏡検査を行い、病気の確定診断や悪性度の診断をします。とくに、レントゲン検査で見つけられない初期のがんが内視鏡検査で発見されることがあり、内視鏡にて完治できるがんの発見には欠かせません。