深達度が粘膜下層からより深くなる場合は、手術による切除が標準治療とされています（近年、抗がん剤と放射線治療の併用が選択される場合も増えていますが、個々の感受性の問題により標準化はされていません）。

手術成績は、術後の再発がおこるかどうかで決まります。過去の検討では、病期が進むにつれて術後の再発率も増大しています。
そのため、再発を低減させるために病期によっては手術の前に放射線治療や化学療法を行う場合もあります。手術は、消化器外科領域においては大きな手術でありますが、術前術後管理、手術法における多くの工夫により安全に術後のQOLを維持できるよう図っています。

以下のページにて手術について述べます。