肝細胞がんのおもな治療法は、外科治療（肝切除術など）、経皮的局所治療（エタノール注入療法、ラジオ波焼灼療法など）、経肝動脈治療（肝動脈塞栓術など）の3つに分けられます。それぞれ長所・短所があり、がんの進行度、肝機能､全身状態に応じて、単独あるいは組み合わせた治療法を選択します。

5年生存率は平均64％と報告されています。特に肝硬変を合併していない場合には85％と極めて良好ですが、肝硬変合併例では55％です。
しかし､肝硬変でもその程度、肝機能は様々で、比較的肝機能の良好な場合には肝硬変合併例といえども長期生存が十分期待できます。

進行肝細胞がんといえども肝切除後の5年生存率は平均44％です。高度進行肝がんに対しては、肝切除前後に他の治療法を併用する集学的治療が必要です。