食道、胃、十二指腸各種疾患の診断に対しては、内視鏡を用いた観察と組織生検による診断を行っています。
胃潰瘍や十二指腸潰瘍に対しては潰瘍治療に並行して、ヘリコバクターピロリ感染の有無を確認し、陽性であれば3剤併用による内服を１週間行い、ヘリコバクターピロリ除菌を行います。

早期胃癌に対しては、拡大内視鏡を用いて病変の範囲、深さを判定し、内視鏡的に切除が可能であるかを判断します。切除可能と判断した場合は、内視鏡的粘膜下層剥離術（ESD）で病変の一括切除を行います。入院期間は1週間程度であり、切除した病変の病理結果で外科的切除は回避でき、内視鏡切除だけで治癒が可能となります。

大腸各種疾患に対して、拡大内視鏡、画像強調内視鏡を用いた観察や病理検査で、診断を行っています。その中で、内視鏡的切除の適応と判断すると、入院での加療を行います。大腸ポリープであれば、内視鏡的粘膜切除術（EMR）で一泊二日の入院で加療を行います。大きな病変に対しては、病変の一括切除を行うため、内視鏡的粘膜下層剥離術（ESD）で１週間程度の入院で加療を行います。

潰瘍性大腸炎とクローン病は厚生労働省に難病指定されている治療に難渋する難治性炎症性腸疾患です。当院は全国有数の基幹施設に数えられ、年間潰瘍性大腸炎約1000人、クローン病約600人の患者さんが通院加療されています。検査としては内視鏡検査をはじめ、CT/MRエンテログラフィー・腸管エコーといった最新技術を駆使し診断しています。最先端の診断法・治療法を積極的に導入し、抗体製剤や免疫抑制療法の実績数は本邦トップクラスに位置しています。重症例に対しては入院後、外科治療法を含め短期に改善・退院をめざす集約的治療法を実施しています。

カプセル内視鏡やシングルバルーン小腸内視鏡、CT/MRエンテログラフィー、腸管エコーを用いた検査を実施しています。

胆石や進行膵臓がん・胆道がんによる黄疸（胆汁により皮膚や眼が黄色くなること）は、時に重篤な感染症を併発し命に関わる状況に陥るため、原則、内視鏡による治療を要します。内視鏡的逆行性胆管膵管造影(ERCP: endoscopic retrograde cholangiopancreatography)とよばれる内視鏡検査に引き続き、胆道結石に対しては結石除去術を行い、膵がん・胆道がんに対しては細胞・組織採取後に範囲診断を行い、体外へ胆汁を排泄する管を一時的に胆管内（場合によっては膵管）においてきます。

また近年は、胃や十二指腸の手術後で複雑に胃や小腸が吻合されている患者さんの黄疸に対しても小腸鏡を使用してERCPを行っております。（術後再建腸管に対するERCP）。経口胆道鏡も新たに導入しており、胆管内に直接内視鏡を挿入し、巨大結石や積み上げ結石など難渋症例も対応しております。また胆管がんの範囲診断も行えます。
膵がん・胆道がんに対しては早期の発見も重要であり超音波内視鏡（EUS: Endoscopic Ultrasonography)を行っております。必要に応じて細い針を使って腫瘍から細胞を採取することもあります。

延命と患者QOLの向上を目指した各種抗がん剤の組み合わせ療法を工夫実施しています。
セカンドオピニオンも保障されています。